PyMOL
PyMOL je odprtokodni, vendar lastniški[2] sistem molekularne vizualizacije, ki ga je ustvaril Warren Lyford DeLano. Sprva ga je komercializiralo podjetje DeLano Scientific LLC, ki se ukvarja z ustvarjanjem uporabnih orodij, ki naj bi bila univerzalno dostopna znanstvenim in izobraževalnim skupnostim. Trenutno ga trži Schrödinger, Inc. PyMOL lahko ustvari visokokakovostne 3D slike majhnih molekul in bioloških makromolekul, kot so beljakovine.
 PyMOL logo | |
| Avtor | Warren Lyford DeLano |
|---|---|
| Razvijalec | Schrödinger, Inc. |
| Začetna izdaja | 2000 |
| Stabilna izdaja | 10 maj 2021; 27 marec 2023 |
| Programski jezik | C, C++, Python |
| OS | večplatformski: macOS, Unix, Linux, Windows |
| Okolje | IA-32, x86-64 |
| Razpoložljivi jeziki | angleščina |
| Tip | Molekularno modeliranje |
| Licenca | Originalno Python License,[1] now proprietary[2] |
| Spletno mesto | pymol.org/2/ |
PyMOL je eno redkih večinoma odprtokodnih orodij za vizualizacijo modelov, ki so na voljo za uporabo v strukturni biologiji. Del imena Py se nanaša na program napisan v programskem jeziku Python.
Barve elementov uredi
PyMOL uporablja barvanje kroglic po elementih.
| ① | |||||||||||||||||||
| ② | |||||||||||||||||||
| ③ | |||||||||||||||||||
| ④ | |||||||||||||||||||
| ⑤ | |||||||||||||||||||
| ⑥ | 
|
||||||||||||||||||
| ⑦ | 
|
||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||
Galerija uredi
-
Primer nekaterih funkcij za urejanje molekul PyMOL, rotacije diedrske vezi in interaktivne molekularne relaksacije z Sculpting mode. o so uporabne funkcije za pripravo vhodne geometrije za programsko opremo kvantne kemije
-
Struktura istih beljakovin (TEV proteaza - PDB: 1LVB) upodobljena na različne načine.
Glej tudi uredi
Sklici uredi
- ↑ »PyMOL Molecular Graphics System«. SourceForge.
- ↑ 2,0 2,1 »Open-Source PyMOL«. Schrodinger, Inc. 5. november 2021. Pridobljeno 7. novembra 2021.
- ↑ »Color Values«. pymolwiki. 2010. Pridobljeno 4. septembra 2021.