Mikroflora so majhni organizmi, vidni pod mikroskopom ki živijo v določenem okolju. Med te organizme prištevamo bakterije, kvasovke, plesni, aktinomicete in alge. Večina teh organizmov živi na odmrlih ostankih rastlin in živali.

mikroskopska slika kvasovke Candida albicans, ki raste na agarju s koruzno moko.

Omenjeni organizmi prispevajo k razgradnji ostankov v anorganske spojine in pri razgradnji prispevajo, da nastanejo prhline. Pri razgradnji se tvori tudi ogljikov dioksid, ki se vrača v ozračje.

Nekateri organizmi so zajedavci, ki pri ljudeh, rastlinah in živalih povzročajo različne bolezni. Nekateri organizmi, pa so se prilagodili na simbiozo z višjimi rastlinami, kot so koreninske bakterije. Predstavniki mikroflore so razširjeni v vodi, zraku in zemlji.

Mikrofloro ločimo po različnih okoljih kot npr. mikroflora gnoja, prsti, komposta.