Različice SARS-CoV-2

Različice ali variante SARS-CoV-2 so virusni izolati z drugačnim genomskim zaporedjem v primerjavi z divjim virusom SARS-CoV-2, kot je bil izoliran prvotno. Različice virusa so posledica mutacij v njegovi dednini.[1] Po svetu krožijo različne različice virusa SARS-CoV-2 in določene med njimi so skrb vzbujajoče in zahtevajo takojšen odziv ter ustrezno ukrepanje.[2] Pri nekaterih različicah namreč obstaja sum ali pa je dokazano, da so bolj nalezljive,[3] bolj virulentne ali pa so proti njim cepiva manj učinkovita.[4][5]

Poimenovanje različicUredi

SARS-CoV-2 corresponding nomenclatures[6]
Linije po PANGO[7] Komentar k linijam po PANGO[8] Nextstrainovi kladi,[9] 2021[10] Kladi po GISAID-u Pomembne različice
A.1–A.6 19B S vsebuje »referenčno zaporedje« WIV04/2019[11]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[a]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G vključuje različico delta(B.1.617)[12][13]
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C vključuje različici epsilon (B.1.427/B.1.429/CAL.20C)[14] in eta (B.1.525)[15]
20G prevladujoča različica v ZDA (januar 2021)[14]
20H vključuje različico beta(B.1.351 aka linija 20H/501Y.V2 ali 501.V2)
B.1.1 20B GR vključuje linijo B.1.1.207[navedi vir]
20D
20J vključuje različici gama(P.1) in zeta (P.2)[16][17]
20F
20I vključuje različico alfa(B.1.1.7 aka VOC-202012/01, VOC-20DEC-01 ali 20I/501Y.V1)
B.1.177 20E (EU1)[10] GV[a] izvira iz 20A[10]
 
Drevesni diagram linij SARS-CoV-2 po sistemu poimenovanja Pango.

Doslej (do julija 2021) še niso sprejeli enotnih pravil glede poimenovanja različic SARS-CoV-2.[19] Številne organizacije, ustanove in tudi vlade so začele različice poimenovati po državah, v katerih so bile odkrite.[20][21] 31. maja 2021 je Svetovna zdravstvena organizacija predlagala uporabo grških črk za pomembne virusne različice,[22] kar omogoča enostavno, lahko izgovorljivo in nestigmatizirajoče poimenovanje.[23][24] Odločitev je bila deloma posledica pritožb nekaterih držav, da je lahko poimenovanje z zemljepisnimi oznakami diskriminatorno do tamkajšnjih prebivalcev.[25]

 
Različice SARS-CoV-2, o katerih so poročale organizacije, kot je CDC, in sicer na osnovi mutacij na mestih L452R in E484K

Obstaja več tisoč različic virusa SARS-CoV-2,[26] lahko pa jih razvrstimo v več podskupin, kot so linije in kladi.[b] Najbolj razširjene so naslednje tri predlagane nomenklature[19]

  • znotraj znanstvene iniciative GISAID so do januarja 2021 v svetu prepoznali 8 poglavitnih kladov, poimenovanih S, O, L, V, G, GH, GR in GV,[27]
  • znotraj svetovne podatkovne baze Nextstrain so do junija 2021 prepoznali 13 poglavitnih kladov [c] (19A–B, 20A–20J in 21A),[28]
  • v letu 2020 je Rambaut s sodelavci ustanovil Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN), program za razvrščanje in poimenovanje virusnih linij SARS-CoV-2;[29][7] do februarja 2021 so prepoznali 6 poglavitnih virusnih (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7).[30][31]

Zaskrbljujoče različiceUredi

Zaskrbljujoče različice (angl. Variants of concern) so različice virusa SARS-CoV-2 z mutacijami v domeni za receptorsko vezavo (RBD, angl. Receptor Binding Domain), ki občutno povečajo vezavno afiniteto virusa na receptorje ter posledično povečajo prenašanje virusa.[32] Svetovna zdravstvena organizacija opredeljuje kot zaskrbljujoče različice naslednje različice virusa SARS-CoV-2:[33]

Pozornost vzbujajoče različiceUredi

Pozornost vzbujajoče različice (angl. Variants of Interest) so virusne različice z genetskimi spremembami, pri katerih je znano ali pa se predvideva, da vplivajo na pomembne virusne značilnosti, kot so prenašanje, hudost bolezni, izmikanje imunskemu sistemu oziroma težavnejše diagnosticiranje ali zdravljenje, ter izkazujejo tudi epidemiološko grožnjo (seznam je iz julija 2021):[34]

  • različica lambda – poimenovana tudi linija C.37, prvič prepoznana avgusta 2020 v Peruju, 14. junija 2021 pa jo je SZO uvrstil med pozornost vzbujajoče različice.[33] Razširila se je v vsaj 30 držav[35] po svetu in zaenkrat (do julija 2021) ni znano, ali je bolj kužna in manj občutljiva na cepiva kot drugi sevi;[36][37]
  • različica mi – poimenovana tudi linija B.1.621, prvič so jo zaznali v Kolumbiji januarja 2021, SZO pa jo je opredelil kot pozornost vzbujajočo različico 30. avgusta 2021.[33] Do izbruhov je prišlo tudi drugod v Južni Ameriki pa tudi v Evropi.[38][39]

Različice, ki so jih v preteklosti uvrščali med pozornost vzbujajoče različice:Uredi

  • različica eta – poimenovana tudi linija B.1.525,[40] 21D[41] ali 20A/S:484K,[42] ne vsebuje mutacije N501Y kot različice alfa, beta in gama, nosi pa enako mutacijo E484K kot različice gama, zeta in beta. Nosi tudi delecijo ΔH69/ΔV70 kot različica alfa.[43] Do 5. marca 2021 so jo zaznali v 23 državah.[44][45][46] O prvih primerih so poročali decembra 2020 v Nigeriji in Veliki Britaniji, v začetku leta 2021 pa se je v Nigeriji zelo razširila;[46]
  • različica jota – odkrili so jo v New Yorku novembra 2020 ter jo poimenovali linija B.1.526;[47] do 11. 4. 2021 so jo zaznali že v vsaj 48 ameriških zveznih državah ter v 18 drugih državah po svetu. Spomladi 2021 jo je začela izpodrivati bolj nalezljiva različica alfa;[48]
  • različica kapa – gre za eno od treh sublinij virusne linije B.1.617, poimenovana tudi B.1.617.1, 21B[41] ali 21A/S:154K;[42] prvič so jo odkrili v Indiji decembra 2020.[49] Konec marca je predstavljala že več kot polovico primerov okužb v Indiji (med analiziranimi vzorci);[50]

Pregled pomembnih različicUredi

Identifikacija[41] Pojav Spremembe glede na predhodno krožeče različice Aktivnost nevtralizirajočih protiteles (oziroma učinkovitost, če so podatki na voljo)
Oznaka SZO Linija po PANGO Različica po Public Health England (PHE)[A] Nextstrainov klad Prvi kraj izbruha Datum prvega vzorca[51] Datum dodelitve statusa skrb vzbujajoče različice Pomembne mutacije Prenosljivost Verjetnost hospitalizacije Smrtnost Po okužbi[B] Po cepljenju
Alfa B.1.1.7 VOC‑20DEC‑01 20I (V1) Združeno kraljestvo 20. sept. 2020 [52] 18. dec. 2020[53] 69–70del, N501Y, P681H[54][55] +29% (2433%)[56][C] +52% (4757%)[D][C] +59% (4474%)[D][C] minimalno zmanjšana[15] minimalno zmanjšana[15]
B.1.1.7 z E484K[E][40] VOC‑21FEB‑02 26. jan. 2021[59] 5. feb. 2021[60] E484K, 69–70del, N501Y, P681H[54][55] znatno zmanjšana[61] znatno zmanjšana[61]
Beta B.1.351 VOC‑20DEC‑02 20H (V2) Južna Afrika maj 2020 14. jan. 2021[62] K417N, E484K, N501Y[54] +25% (2030%)[56] se raziskuje morda povečana[63][41] zmanjšana (T-celični odziv ohranjen)[15][41] zmanjšana učinkovitost za preprečevanje blage bolezni,[F] ohranjena učinkovitost proti hudi obliki[41]
Gama P.1 VOC‑21JAN‑02 20J (V3) Brazilija nov. 2020 15. jan. 2021[64][65] K417T, E484K, N501Y[54] +38% (2948%)[56] morda povečana[41] +50% (50 % IV, 2090%)[G][I] zmanjšana[15] nespremenjena pri mnogih bolnikih[J]
Delta B.1.617.2 VOC‑21APR‑02 21A Indija okt. 2020 6. maj 2021[68] L452R, T478K, P681R[12] +97% (76117%)[56] +85% (39147%) glede na alfa[L] +137% (50230%)[K] dokazani primeri ponovne okužbe[71] minimalno zmanjšanje[41][71][M]
Omikron B.1.1.529 VOC-21NOV-01 21K Južna Afrika 9 nov 2021[73] 26 nov 2021[74] P681H, N440K, N501Y, S477N, many others[75] potencialno povečana[76] se raziskuje se raziskuje zmanjšana[76][77] učinkovirost proti simptomni okužbi zmanjšana, neznan vpliv na učinkovitost proti hudi obliki bolezni[76][78]

  Zelo visoko tveganje   Visoko tveganje   Srednje tveganje   Nizko tveganje   Neznano tveganje

  1. Oblika poimenovanja se je spremenila marca 2021; v imenu se za leto po novem uporabljata dve števki namesto štirih, za mesec za tričrkovna okrajšava namesto dvomestno število, na primer, namesto VOC-202101-02 se uporablja VOC-21JAN-02.[40]
  2. Učinkovitost zaščite po naravni okužbi pred ponovno okužbo, kadar je podatek na voljo.
  3. 3,0 3,1 3,2 Linija B.1.1.7 z E484K se zgleda od osnovne linije B.1.1.7 razlikuje le glede na aktivnost nevtralizirajočih protiteles.[57]
  4. 4,0 4,1 23. november 2020 – 31. januar 2021, Anglija.[58]
  5. Liniji B.1.1.7 z mutacijo E484K SZO ni dodelil posebne oznake; zato je tukaj uvrščena pod isto oznako kot izhodiščna linija B.1.1.7
  6. Oxford-AstraZeneca, NovaVax.
  7. Poročana intervala zaupanja in verodostojnosti imata nizko verjetnost, zato se lahko ocenjene vrednosti razumejo le kot možne, vendar ne gotove oziroma zelo verjetne.
  8. 8,0 8,1 Razlike so morda posledica različnih pravil in ukrepov, ki so se jih posluževali na različnih območjih v različnem času, lahko pa tudi različnih kapacitet lokalnih zdravstvenih sistemov ter tudi kroženja različnih različih virusa v času in območju raziskave.
  9. marec 2020 – fevruar 2021, Manaus.[66] Preliminarni rezultati raziskave iz severnega predela Brazilije so pokazali, da je pri liniji P.1 smrtnost med zdravimi mladimi posamezniki močno povečana. V skupini bolnikov s pridruženimi boleznimi so podatki pokazali, da se smrtnost poveča za 490% (220985%) pri moških v starostni skupini 20–39 let, 465% (1901003%) pri ženskah v starostni skupini 20–39 let in 670% (4011083%) pri ženskah v starostni skupini 40–59 let.[67][H]
  10. Razen pri cepivu podjetij Pfizer–BioNTech.[63]
  11. 11,0 11,1 7. februar – 22. junij 2021, Ontario.[70]
  12. 1 April – 6 June 2021, Scotland.[69] Neka druga preliminarna raziskava iz Ontaria je pokazala, da je verjetnost hospitalizacije pri različici delta višja za 120 % v primerjavi z linijami, ki ne spadajo med zaskrbljujoče različice.[K][H]
  13. Zmerno zmanjšana nevtralizacija pri cepivu Covaxin.[72]

OpombeUredi

  1. 1,0 1,1 In another source, GISAID name a set of 7 clades without the O clade but including a GV clade.[18]
  2. According to the WHO, "Lineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor".[19]
  3. Od januar 2021: Po sistemu Nextstrain je za proglasitev klada potrebno vsaj en od spodnjih meril (citirano iz vira):[10]
    1. A clade reaches > 20 % global frequency for 2 or more months
    2. A clade reaches > 30 % regional frequency for 2 or more months
    3. A VOC ('variant of concern') is recognized (applies currently [6 January 2021] to 501Y.V1 and 501Y.V2)

SkliciUredi

  1. "Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC. 28. 1. 2021. Pridobljeno dne 8. 7. 2021.
  2. "Delta bolj nalezljiva od drugih različic virusa SARS-CoV-2". NIJZ. 1. 7. 2021. Pridobljeno dne 8. 7. 2021.
  3. Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33925854 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  4. "Coronavirus variants and mutations: The science explained". BBC News (angleščina). 6. 1. 2021. Pridobljeno dne 2. 2. 2021.
  5. Kupferschmidt K (15 January 2021). "New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines". Science. doi:10.1126/science.abg6028. Pridobljeno dne 2. 2. 2021.
  6. This table is an adaptation and expansion of (Alm et al., figure 1).
  7. 7,0 7,1 Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (november 2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681. Cited in (Alm et al.)
  8. Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, et al. (The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group) (avgust 2020). "Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020". Euro Surveillance. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443.
  9. "Nextclade" (What are the clades?). nextstrain.org. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 19. 1. 2021. Pridobljeno dne 19. 1. 2021.
  10. 10,0 10,1 10,2 10,3 Bedford T, Hodcroft B, Neher RA (6 January 2021). "Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy". nextstrain.org. Pridobljeno dne 19 January 2021.
  11. Zhukova A, Blassel L, Lemoine F, Morel M, Voznica J, Gascuel O (november 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies. 344: 57–75. doi:10.5802/crbiol.29. PMID 33274614 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  12. 12,0 12,1 "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 29. 6. 2021. Redno se posodablja.
  13. "Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling (Filtered to B.1.617)". nextstrain.org. Pridobljeno dne 5. 5. 2021.
  14. 14,0 14,1 "Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA". medRxiv. 2021. doi:10.1101/2021.01.18.21249786 . https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.21249786v1. 
  15. 15,0 15,1 15,2 15,3 15,4 "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 11. 2. 2020. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 29. 6. 2021. Pridobljeno dne 18. 6. 2021. Se redno posodablja.
  16. "PANGO lineages-Lineage B.1.1.28". cov-lineages.org. Pridobljeno dne 4. 2. 2021.[neuspešna verifikacija]
  17. "Variant: 20J/501Y.V3". covariants.org. 1. 4. 2021. Pridobljeno dne 6. 4. 2021.
  18. "clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')". GISAID. 4. 7. 2020. Pridobljeno dne 7. 1. 2021.
  19. 19,0 19,1 19,2 WHO Headquarters (8. 1. 2021). "3.6 Considerations for virus naming and nomenclature". SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. World Health Organization. str. 6. Pridobljeno dne 2. 2. 2021.
  20. "Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7". STAT (angleščina). 9. 2. 2021. Pridobljeno dne 12. 2. 2021.
  21. Flanagan R (2. 2. 2021). "Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either". CTV News (angleščina). Pridobljeno dne 12 February 2021.
  22. "Today, @WHO announces new, easy-to-say labels for #SARSCoV2 Variants of Concern (VOCs) & Interest (VOIs)" (angleščina). Pridobljeno dne July 7, 2021.
  23. Helen Branswell The name game for coronavirus variants just got a little easier 31 May 2021 www.statnews.com, dostop: 28. 6. 2021
  24. World Health Organization (15. 1. 2021). "Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic". Pridobljeno dne 18. 1. 2021.
  25. "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters" (angleščina). Pridobljeno dne 7. 7. 2021.
  26. Koyama T, Platt D, Parida L (julij 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98 (7): 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. PMC 7375210. PMID 32742035. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
  27. "Global phylogeny, updated by Nextstrain". GISAID. 18. 1. 2021. Pridobljeno dne 19. 1. 2021.
  28. "Nextstrain COVID-19". Nextstrain. Pridobljeno dne 1. 1. 2021.
  29. "cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages". Github. Pridobljeno dne 2 January 2021.
  30. "Lineage descriptions". cov-lineages.org. Pango team.
  31. Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (March 2021). "Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 6 (3): 415. doi:10.1038/s41564-021-00872-5. PMC 7845574. PMID 33514928 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  32. Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (May 2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms (angleščina). 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33925854 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  33. 33,0 33,1 33,2 "Tracking SARS-CoV-2 variants". who.int (angleščina). World Health Organization. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 18. 6. 2021. Pridobljeno dne 22. 6. 2021. Se redno posodablja.
  34. "Tracking SARS-CoV-2 variants". SZO. Pridobljeno dne 8. 7. 2021.
  35. "Covid 19 coronavirus: Ultra-contagious Lambda variant detected in Australia".
  36. "COVID-19: Lambda variant may be more resistant to vaccines than other strains".
  37. "Lambda variant: What is the new strain of Covid detected in the UK?".
  38. "What is the Mu variant of COVID-19?". www.abc.net.au (angleščina). 1. 9. 2021. Pridobljeno dne 1. 9. 2021.
  39. O'Neill, Luke. "Mu: everything you need to know about the new coronavirus variant of interest". The Conversation (angleščina). Pridobljeno dne 3. 9. 2021.
  40. 40,0 40,1 40,2 "Variants: distribution of cases data". Public Health England. Government Digital Service. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 7. 6. 2021. Pridobljeno dne 16. 2. 2021.
  41. 41,0 41,1 41,2 41,3 41,4 41,5 41,6 41,7 Predloga:Cite techreport
  42. 42,0 42,1 Predloga:Cite techreport
  43. "Delta-PCR-testen" [The Delta PCR Test] (danščina). Statens Serum Institut. 25. 2. 2021. Pridobljeno dne 27. 2. 2021.
  44. "GISAID hCOV19 Variants (see menu option 'G/484K.V3 (B.1.525)')". GISAID. Pridobljeno dne 4. 3. 2021.
  45. "Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) i Danmark" [Status of development of SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) in Denmark] (danščina). Statens Serum Institut. 27. 2. 2021. Pridobljeno dne 27. 2. 2021.
  46. 46,0 46,1 "B.1.525 international lineage report". cov-lineages.org. Pango team. 19. 5. 2021. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 9. 6. 2021. Pridobljeno dne 16. 2. 2021.
  47. Mandavilli A (24. 2. 2021). "A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report". The New York Times.
  48. Zimmer, Carl; Mandavilli, Apoorva (14. 5. 2021). "How the United States Beat the Variants, for Now". New York Times. Pridobljeno dne 17. 5. 2021.
  49. Predloga:Cite techreport
  50. Le Page, Michael (4 June 2021). "Indian covid-19 variant (B.1.617)". New Scientist. Pridobljeno dne 8. 6. 2021.
  51. Predloga:Cite techreport
  52. Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A, et al. (18 December 2020). "Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations". Virological. Pridobljeno dne 14. 6. 2021.
  53. Predloga:Cite techreport
  54. 54,0 54,1 54,2 54,3 "Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC.gov (Science brief). Centers for Disease Control and Prevention. 28 January 2021. Pridobljeno dne 4 January 2021.   Citiran članek vsebuje besedilo, ki je v javni lasti.
  55. 55,0 55,1 Chand et al. (2020), str. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  56. 56,0 56,1 56,2 56,3 Campbell F, Archer B, Laurenson-Schafer H, Jinnai Y, Konings F, Batra N, et al. (junij 2021). "Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021". Euro Surveillance. 26 (24): 2100509. doi:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. PMC 8212592 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 34142653 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  57. "SARS-CoV-2 variants of concern". ECDC.eu. European Centre for Disease Prevention and Control. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 16. 6. 2021. Pridobljeno dne 12. 5. 2021. USe redno posodablja.
  58. Nyberg T, Twohig KA, Harris RJ, Seaman SR, Flannagan J, Allen H, et al. (junij 2021). "Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis". BMJ. 373: n1412. doi:10.1136/bmj.n1412. PMC 8204098 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 34130987 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  59. Predloga:Cite techreport
  60. Predloga:Cite techreport
  61. 61,0 61,1 Collier DA, De Marco A, Ferreira IA, Meng B, Datir RP, Walls AC, et al. (maj 2021). "Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies". Nature (Published). 593 (7857): 136–141. doi:10.1038/s41586-021-03412-7. PMID 33706364 Preveri |pmid= vrednost (pomoč). We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralising activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralisation titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5).
  62. Predloga:Cite techreport
  63. 63,0 63,1 "Living Evidence – SARS-CoV-2 variants". Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au. Ministry of Health (New South Wales). 23. 7. 2021. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 16. 4. 2021. Pridobljeno dne 22. 3. 2021. Se redno posodablja..
  64. "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". GOV.UK. Public Health England. 15 January 2021.
  65. Predloga:Cite techreport
  66. Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, et al. (maj 2021). "Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil". Science. 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. doi:10.1126/science.abh2644. PMC 8139423 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33853970 Preveri |pmid= vrednost (pomoč). Within this plausible region of parameter space, P.1 can be between 1.7 and 2.4 times more transmissible (50% BCI, 2.0 median, with a 99% posterior probability of being >1) than local non-P1 lineages and can evade 21 to 46% (50% BCI, 32% median, with a 95% posterior probability of being able to evade at least 10%) of protective immunity elicited by previous infection with non-P.1 lineages, corresponding to 54 to 79% (50% BCI, 68% median) cross-immunity ... We estimate that infections are 1.2 to 1.9 times more likely (50% BCI, median 1.5, 90% posterior probability of being >1) to result in mortality in the period after the emergence of P.1, compared with before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity. More broadly, the recent epidemic in Manaus has strained the city's health care system, leading to inadequate access to medical care. We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P.1 infection, stresses on the Manaus health care system, or both. Detailed clinical investigations of P.1 infections are needed.
  67. Freitas AR, Lemos DR, Beckedorff OA, Cavalcanti LP, Siqueira AM, Mello RC, et al. (19. 4. 2021). "The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions". medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.04.13.21255281. Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p <0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p <0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analysed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.
  68. Predloga:Cite techreport
  69. Sheikh A, McMenamin J, Taylor B, Robertson C (June 2021). "SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness". Lancet. 397 (10293): 2461–2462. doi:10.1016/S0140-6736(21)01358-1. PMC 8201647 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 34139198 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  70. Fisman D, Tuite A (12 July 2021). "Progressive Increase in Virulence of Novel SARS-CoV-2 Variants in Ontario, Canada". medRxiv (Preprint). doi:10.1101/2021.07.05.21260050.
  71. 71,0 71,1 Predloga:Cite techreport
  72. Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Ella R, Deshpande G, Patil DY, et al. (maj 2021). "Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees". Clinical Infectious Diseases. Oxford University Press (ciab411). bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101 Preveri |biorxiv= value (pomoč). doi:10.1093/cid/ciab411. PMID 33961693 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  73. Callaway, Ewen (2021-11-25). "Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert". Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w.
  74. "Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern". Svetovna zdravstvena organizacija. 26. 11. 2021. Pridobljeno dne 26 November 2021.
  75. Predloga:Cite techreport
  76. 76,0 76,1 76,2 Predloga:Cite techreport
  77. "South Africa finds omicron 'highly transmissible' and more resistant to COVID-19 vaccines". USA Today. 14 December 2021. Pridobljeno dne 14 December 2021.
  78. "Pfizer shot less effective against hospitalisation in South Africa - study". 14. 12. 2021. Pridobljeno dne 14. 12. 2021.