Škofja Loka leži na nadmorski višini 354351 metrov, ob sotočju rek Poljanske Sore in Selške Sore, na prehodu iz Sorškega polja v Škofjeloško in Polhograjsko hribovje. Stari del mesta stoji na rečnih terasah in obsega Mestni trg (Plac) in Spodnji trg (Lóntrg). Nad gradom se dvigata hrib Kráncelj (475 m) in Štángruf (472 m) sestavljena iz srednjetriasnega škofjeloškega ploščatega apnenca. Na pomolu, ki štrli iz brega stoji Loški grad, v katerem je danes Loški muzej. Za njim je kraški svet poln vrtač in kraških jam. Severno od središča mesta je hrib Kamnitnik (414 m), znan po konglomeratni skali. Puštalski [[most]] in Puštalska brv čez Poljansko Soro vežeta mesto z vasjo Puštal. V nekdanje Kapucinsko predmestje vodi Kamniti most. Z Lontrga se gre čez Lahov most v novejši del mesta.
