ChEMBL

ChEMBL ali ChEMBLdb je ročno vodena zbirka podatkov o bioaktivnih molekulah z drogam podobnimi lastnostmi.[1] Vzdržuje jo Evropski institut za bioinformatiko (EBI) Evropskega laboratorija za molekularno biologijo (EMBL) s sedežem v Wellcome Trust Genome Campusu, Hinxton, Združeno kraljestvo.

ChEMBL
Chembl logo.png
Vsebina
OpisBiološka podatkovna zbirka
Tipi zajetih
podatkov
Molekule z drogam podobnimi lastnostmi in biološko aktivnostjo
Kontakt
Raziskovalni centerEvropski lagoratorij za molekularno biologijo
LaboratorijZdruženo kraljestvo Velike Britanije in Severne Irske Evtopski institut za bioinformatiko
Avtorji• John Overington, vodja skupine 2008-2015
• Andrew Leach, vodja skupine 2016-danes
Glavni citatPubMed
Datum objave2009
Dostop
Spletna stranChEMBL
URL za prenosDownloads
Web service URLChEMBL Webservices
Sparql dostopna točkaChEMBL EBI-RDF Platform
Razno
LicencaPodatki iz ChEMBL so dostopni na Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0
Označevanje verzijChEMBL_28

Zbirko podatkov, prvotno znano kot StARlite, je razvila družba za biotehnologijo Inpharmatica Ltd., ki jo je kasneje prevzel Galapagos NV. EMBL je bazo podatkov kupila 2008 s finančno pomočjo Wellcome Trusta, kar je privedlo do formiranja ChEMBL na EBI,[1][2] ki ga vodi John Overington.[3][4]

Obseg in dostopnostUredi

Zbirka podatkov ChEMBL vsebuje podatke o biološki aktivnosti snovi glede na medicinske namene. Biološka aktivnost se izraža s Ki, Kd, IC50 in EC50.[5] Podatke je mogoče filtrirati in analizirati, da se razvijejo knjižnice snovi za prepoznavanje med odkrivanjem zdravil.[6]

Druga verzija ChEMBL (ChEMBL_02), objavljena januarja 2010, je vsebovala 2,4 millijona meritev 622.824 spojin, vključno s 24.000 naravnimi produkti. Podatki so bili zbrani iz 34.000 člankov iz dvanajstih revij s področja medicinske kemije. Verzija ChEMBL_08, objavljena isto leto, je vsebovala že 2,97 milijona meritev na 636.269 pojinah.[7] Število podatkov je od takrat tako naraslo, da je postala najobširnejša javno dostopna zbirka podatkov.[4]

ChEMBLdb je dostopna preko spletnega vmesnika ali se prenese s protokolom za prenos datotek. Oblikovana je na način, primeren za računalniško rudarjenje podatkov, in poskuša standardizirati dejavnosti med različnimi publikacijami, da bi se omogočila primerjalna analiza-[1] ChEMBL je vključena tudi v druge obsežne kemijske vire, vključno s PubChem in sistemom ChemSpider Kraljevega kemijskega društva.

SkliciUredi

  1. 1,0 1,1 1,2 Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID 21948594.
  2. "Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome". wellcome.ac.uk. 18. januarja 2010. Pridobljeno dne 31. avgusta 2019.
  3. Bender, A (2010). "Databases: Compound bioactivities go public". Nature Chemical Biology. 6 (5): 309. doi:10.1038/nchembio.354.
  4. 4,0 4,1 Overington J (april 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660.
  5. Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24. oktober 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library". J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.PMC 3200031. PMID 21978256.
  6. Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases". ChemMedChem. 3 (3): 435–44. doi: 10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535.PMID 18064617.
  7. ChEMBL-og (15. november 2010). ChEMBL_08. Released. Pridobljeno 15. novembra 2010.