Površje otoka je raznoliko; vzdolž severovzhodne obale delno poteka del t. i. kanadskega[[Kanadski ščitaščit]], razmeroma visoko gorovje iz [[predkambrij]]skih kamnin,<ref name="CPE">{{navedi splet| url=http://www.arctic.uoguelph.ca/cpe/environments/maps/detailed/islands/baffin.htm |title=Baffin Island |editor=Hebert, P.D.N. |work=Canada's Polar Environments |year=2002 |publisher=CyberNatural Software, University of Guelph |accessdate=2.12.2011}}</ref> z najvišjim vrhom Mount Odin, visokim 2147 m.<ref>{{navedi splet| url=http://atlas.nrcan.gc.ca/site/english/learningresources/facts/mountains.html#nu |title=Mountains |work=The Atlas of Canada |accessdate=2.12.2011}}</ref> Vanj se zajedajo številni [[fjord]]i, kamor se z vrhov stekajo [[ledenik]]i. Na zahodu in jugovzhodu je površje ravninsko, z mnogimi [[jezero|jezeri]], od katerih sta največji jezeri Nettilling in Amadjuak.<ref name="CPE"/>
Zaradi izpostavljenosti severnim vetrovom je tu podnebje bistveno hladnejše kot v nekaterih drugih delih Arktike z isto [[zemljepisna dolžina|zemljepisno dolžino]]; povprečna letna temperatura je med -7 in -8 ºC in tudi v najtoplejšem delu leta ne doseže 10 ºC.<ref>{{navedi splet| url=http://traveltips.usatoday.com/climate-baffin-island-15616.html |title=Climate of Baffin Island |work=USA Today Travel |author=Asta, Jean |accessdate=2.12.2011}}</ref>
