Delo na prvem primerku različice Il-96-400T je bilo nadaljevano v začetku leta 2006, ko je bila načrtovana dobava v roku enega leta. Še naprej je bil prvi uporabnik Atlant-Soyuz Airlines, pri katerem so naročili dve letali. Poleg tega je bila za letalski družbi [[AirBridgeCargo]] iz Rusije in [[Silk Way Airlines]] iz Azerbajdžana načrtovana izdelava po deset primerkov, ki pa ni bila nikoli uresničena.
Krstni polet je bil opravljen 14. avgusta 2007. Kratko po izdelavi dveh letal za Atlant-Soyuz Airlines je bil zgrajen še tretji primerek različice Il-96-400T. PoLeta tem2009, kopred jepropadom letalske družbe Atlant-Soyuz Airlines 17. januarja 2011 propadel, je bilapostala komercialnanova uporabnica trehvseh dokončanihtreh primerkov različice Il-96-400T letalska družba [[Polet Airlines]] s sedežem v Voronežu, predenki jih je uporabljala, dokler tudi tasama ni prenehala obratovati 24. novembra 2014 prenehala obratovati.<ref>{{Navedi splet|title=Polet Flight Fleet Details and History|url=https://www.planespotters.net/airline/Polet-Flight|access-date=23. marec 2022|website=Planespotters.net|language=en}}</ref> Primerek različice Il-96-400T z registrsko oznako RA-96102 je bil nazadnje predrugačen v potniško letalo Il-96-400VPU in maja 2015 dobavljen ruski vladi.<ref>{{Navedi splet|title=RA-96102 Russian Federation Air Force Ilyushin Il-96|url=https://www.planespotters.net/airframe/ilyushin-il-96-ra-96102-russian-federation-air-force/elwnon|access-date=23. marec 2022|website=Planespotters.net|language=en}}</ref>
