Leta 2004 je prejela naziv [[Slovenka leta]].<ref>[http://www.slovenkaleta.si/Arhiv/Slovenka-leta-2004/Irena-Grafenuer.html Slovenkaleta.si - Irena Grafenuer]</ref>
ZLeta 2003 jo je z Zlatim častnim znakom svobode Republike Slovenije jo je odlikoval takratni [[predsednik Republike Slovenije]], [[Janez Drnovšek]], temuza vrhunske dosežke na področju glasbene umetnosti in za osebni prispevek k mednarodnemu uveljavljanju Republike Slovenije.<ref>{{cite web |url=http://www.up-rs.si/up-rs/uprs.nsf/dokumentiweb/53ACF6D8ACD7179FC12573CC004AF359?OpenDocument |title=Up-rs.si - Seznam vseh odlikovancev od leta 1992 do decembra 2007 |archive-url=https://web.archive.org/web/20110821235633/http://www.up-rs.si/up-rs/uprs.nsf/dokumentiweb/53ACF6D8ACD7179FC12573CC004AF359?OpenDocument |archive-date=2011-08-21 }}</ref>. paTemu je leta 2005 sledila [[Prešernova nagrada]] za življenjsko delo in vrhunsko poustvarjalnost na področju glasbene umetnosti, istega leta je postala častna doktorica Univerze v Ljubljani ter častna naslova Slovenske filharmonije in mesta Ljubljana.
Razen tega je bila v domovini obravnavana zelo mačehovsko. Na [[Akademija za glasbo v Ljubljani|Akademiji za glasbo]] so namreč zavrnili njeno prošnjo za profesuro in ukinili delovno mesto, medtem ko je lahko predavala na najboljših tujih šolah in takrat že nekaj let redno predavala na salzburškem Mozarteumu.
