Nišava izvira na skrajnem zahodu Bolgarije pod vrhom [[Kom, Bolgarija|Kom]], ki je del gorovja [[Stara planina]] (Balkan). Reka sprva teče proti jugu in se nato obrne proti zahodu, kjer prečka Godeško kotlino. Po vasi Ginci, skozi katero teče v gornjem toku, se gornjireka tokdo rekesotočja z rečico Vrbnico (Šumsko reko) v bližini mesta [[Godeč]] imenuje tudi ''Ginska reka''. Z Godeške kotline nadaljuje pot skozi globoko sotesko, ki poteka od vasi Razboište do naselja Kalotina, kjer reka preide na ozemlje Srbije. Dolžina Nišave v Bolgariji znaša 67 kilometrov.
Preostalih 151 kilometrov<ref name="stat2017" /> v Srbiji Nišava teče pretežno proti severozahodu. VečjaNjen mestatok napredstavlja njenisestavljeno poti(kompozitno) dolino, kjer se izmenjujejo [[Soteska|soteske]] in [[Kotlina|kotline]] z večjimi naselji, kot so [[Dimitrovgrad, Srbija|Dimitrovgrad]], [[Pirot]], in [[Bela Palanka]],. Najizrazitejša geološka formacija Nišave je [[NiškaSićevska Banjasoteska]] (''Sićevačka klisura'') med Belo Palanko in Niš[[Niška Banja|Niško Banjo]]. OkoliSoteska, 10dolga 17 kilometrov zahodnoin odgloboka Niša35 do 400 metrov, je mestoma oblikovana kot kanjon. Moč Nišave v bližinisoteski naseljaizkoriščata mali [[TrupaleHidroelektrarna|hidroelektrarni]],se[[Sićevo]] izliva vin [[JužnaOstrovica, Morava|JužnoNiška MoravoBanja|Ostrovica]].
Okoli 10 kilometrov zahodno od Niša, v bližini naselja [[Trupale]], se Nišava izliva v [[Južna Morava|Južno Moravo]].
