Po zaključeni Realkirealki leta 1931 v Ljubljani je študiral na Likovni akademiji v [[Zagreb]]u. Njegov mentor je bil slikar Ljubo Babić. Po končanem študiju leta 1937 je skoraj desetletje živel in delal v Zagrebu. Le redko je razstavljal v Sloveniji, večkrat z Neodvisnimi. Leta [[1946]] se je preselil v Ljubljano, kjer je pona povabilupovabilo Božidarja Jakca prevzel profesorsko mesto za slikarstvo na novoustanovljeni [[Akademija za likovno umetnost in oblikovanje v Ljubljani|Akademiji za likovno umetnost]]. Do upokojitve leta [[1977]] je bil tudi dvakrat [[rektor]] (danes bi bil ta naziv [[dekan (šolstvo)|dekan]]) ustanove. Študijsko se je izpopolnjeval na potovanjih v tujino, pogosto je hodil v Benetke in Pariz. Univerza v Ljubljani mu je 1986 podelila naslov zaslužnega profesorja. Izvoljen je bil za dopisnega člana [[Jugoslovanska akademija znanosti|Jugoslovanske akademije znanosti]] v Zagrebu (1966), za dopisnega (1977) in rednega člana [[SAZU|Slovenske akademije znanosti in umetnosti]] (1983). Štirikrat je dobil Prešernovo nagrado (1948, 1950, 1957 in za življenjsko delo 1981), pa tudi Jakopičevo (1970) in nagrado Avnoja (1977). Poleg slikarstva se je občasno ukvarjal še s [[scenografija|scenografijo]] in [[grafika|grafiko]]. Velja za eno osrednjih umetniških osebnosti v Sloveniji in v Jugoslaviji v drugi polovici 20. stoletja. Znan je tudi v tujini, zlasti v Nemčiji. Za svoje delo je prejel veliko domačih in mednarodnih priznanj in nagrad. Razstavljal je na mnogih samostojnih in skupinskih prireditvah doma in v tujini. Junija 2010 je bila odprta butična razstava v Galeriji Zala v Ljubljani. Besedilo kataloga je dodala Nadja Zgonik. Veliko retrospektivo je pripravila kustosinja Martina Volkova, z osrednjim besedilom za katalog pa je sodeloval Tomaž Brejc. Razstava je bila odprta decembra 2013 v Moderni galeriji. Več butičnih razstav njegovih del je pripravila Breda Ilich.
Stupica je bil poročen z ilustratorko, slikarko [[Marlenka Stupica|Marlenko Stupico]], s katero sta imela hčihčer [[Marija Lucija Stupica|Marijo Lucijo]], ki je tudi bila izvrstna ilustratorka. Hči je slikarja navdihovala, bila mu je model sama ali s svojimi igračkami.</br>Leta [[1988]] je postal dedek deklice [[Hana Stupica|Hane]], ki je tudi ilustratorka. Dve leti po njenem rojstvu, 19. decembra 1990, je umrl v [[Ljubljanski klinični center|Kliničnem centru]] v Ljubljani zaradi odpovedi srca.
