Do zgodnjega 17. stoletja je Butan predstavljal mozaik manjših sprtih [[fevdov]], dokler jih ni združil tibetanski lama in vojaški voditelj [[Ngavang Namgjal]], ki je pred verskim preganjanjem pobegnil iz Tibeta. Za obrambo dežele pred ponavljajočimi vpadi Tibetancev je NamgyalNamgjal zgradil mrežo neprepustnih dzongov ali trdnjav in razglasil zakonik [[Tsa Yig]] kar je pomagalo, da je lokalne oblastnike podredil centralni kontroli. Mnogo teh '' Dzongov '' še vedno obstaja in so aktivni verski centri in regijskega upravljanja. [[Portugalci|Portugalska]] [[Družba Jezusova|jezuita]] [[Estêvão Cacella]] in [[João Cabral]] sta bila prva dokumentirana obiskovalca Butana iz Evrope na njuni poti na Tibet. Srečala sta NgawangNgavang NamgyalaNamgjala, mu predstavila strelno orožje, smodnik in teleskop ter mu ponudila usluge pri njegovi vojni proti Tibetu, vendar je Žabdrung slednje odklonil. Po osemmesečnem postanku je Cacella pisal dolgo pismo iz samostana [[Čagri]], v katerem poroča o svojem potovanju. To je redek dokument, ki poroča o Šabdrungu.<ref name=LP>{{cite book |title = Bhutan |series = Country Guides |first1 = Lindsay |last1 = Brown |first2 = Stan |last2 = Armington |edition = 3 |publisher = [[Lonely Planet]] |year = 2007 |pages = 26, 36 |isbn = 1-74059-529-7 |url = https://books.google.com/books?id=s-L8NUlW_QgC }}</ref><ref>{{cite book |title = Jesuit on the Roof of the World: Ippolito Desideri's Mission to Eighteenth-Century Tibet |first = Trent |last = Pomplun |publisher = Oxford University Press |year = 2009 |isbn = 0-19-537786-9 |page = 49 |url = https://books.google.com/books?id=-3iG4p85PHgC }}</ref>
Potem ko je NgawangNgavang NamgyalNamgjal umrl leta 1651, so dejstvo o njegovi smrti držali kot tajnost celih 54 let. Po njegovi smrti leta 1651 je Butan sledil njegovi želji po "dualnem sistemu vladavine". Ta je pomenil delitev vladavine na civilno administrativnega vodjo, [[Druk Desi]]-ja ali ''Deb Raja'' in verskega vodjo, [[Je Khenpo]]. Po tem obdobju konsolidacije je Butan potem spet padel v notranje konflikte in dejanski in formalni [[Vladarji Butana]] so se hitro menjavali.
Leta 1711 je Butan šel v vojno proti [[Mogulski imperij|Mogulskemu imperiju]] in njihovemu [[Subedar]]ju, ki je ponovno ustanovil [[CoochKuč Behar]] na jugu. Po kaosu, ki je nastopil je Tibet leta 1714 neuspešno napadel Butan.
V 18. stoletju je Butan napadel in zasedel kraljevino [[Kuč Behar]] (Cooch Behar) na jugu. Leta 1772 je Kuč Behar pozval [[Britanska vzhodnoindijska družba|Britansko vzhodnoindijsko družbo]] da mu je pomagal in izgnal Butance ter kasneje leta 1774 sam napadel Butan. Po mirovnem sporazumu je moral Butan pristati, da se vrne na meje pred 1730. Sklenjen mir pa je bil potem večkrat kršen v naslednjih sto letih, ko je občasno prihajalo do spopadov na meji z [[Britanska Indija|Britanci]]. Spopadi so privedli do »Duarske vojne« (1864–65), spopad za kontrolo področja [[Duars]]. Po zgubljeni vojni je Butan z Britanci podpisal Sporazum v mestu Sinčula. Kot del vojne odškodnine so Britaniji odstopili Duars in v zameno dobili rento Rs. 50,000. Sporazum je končal sovražnosti med Britansko Indijo in Butanom.
