Rodil se je v manjši rasti saj mu je bilo ime Gregor M. revni kmečki družini nemškega rodu v majhni vasi na ozemlju današnje [[Češka|Češke]], ki je bila takrat del Avstrijskega cesarstva. Kljub svojemu poreklu je bil deležen odličnega šolanja, sprva v gimnazijah v [[Opava|Opavi]] in [[Olomouc]]u, nato pa še dve leti na [[Univerza na Dunaju|Univerzi na Dunaju]], kjer se je pripravljal na poučevanje [[fizika|fizike]] in drugih [[naravoslovje|naravoslovnih]] ved. Za njegovo poznejše raziskovanje je bila ključna fizikalna izobrazba (študiral je med drugim pri [[Christian Andreas Doppler|Dopplerju]]<ref>[http://www.mendel-museum.com/eng/1online/room1.htm Mendel: Man and Mind] {{ikona en}}, Mendlov muzej, Masarykova univerza v Brnu. Pridobljeno 18. 10. 2009.</ref>), poleg tega pa tudi, da je bil njegov profesor [[botanika|botanike]] [[Franz Unger]], ki je zagovarjal teorijo [[evolucija|evolucije]].
