Santana se je rodil v mestu [[Autlán|Autlán de Navarro]], [[Jalisco]] v [[Mehika|Mehiki]].<ref name="carlosearly">{{cite web|url=http://www.biography.com/people/carlos-santana-9542276#early-life|title=Carlos Santana - Biography - Early Life|author=|work=biography.com|accessdate=26. oktober 2016|language=en}}</ref> Ko je bil star petšest let se je začel učiti igranja violine, pri osmih letih pa igranja kitare pod mentorstvom svojega očeta, ki je bil mariachi.<ref name="allmusic">{{cite web|url=http://www.allmusic.com/artist/carlos-santana-mn0000175196/biography|title=Carlos Santana - Biography|author=Ruhlmann, William|work=[[AllMusic]]|accessdate=26. oktober 2016|language=en}}</ref> Njegov mlajši brat, Jorge, je prav tako postal profesionalni kitarist. Na mladega Carlosa je zelo vplival [[Ritchie Valens]] v času, ko je zelo malo Mehičanov izvajalo ameriško [[rock]] in [[pop glasba|pop]] glasbo.<ref>{{cite web|url=https://www.axs.com/carlos-santana-s-5-most-pivotal-moments-in-his-career-47187|title=Carlos Santana's 5 most pivotal moments in his career|author=Malan, Jamie|date=1. april 2015|work=axs.com|accessdate=30. oktober 2016|language=en}}</ref> Družina se je iz Autlána de Navarro preselila v mesto [[Tijuana]],<ref name="allmusic"/> ki leži na mehiški meji s [[Kalifornija|Kalifornijo]], kasneje pa v [[San Francisco]].<ref name="carlosearly"/> Carlos je ostal v Tijuani, kasneje pa se je pridružil družini v San Franciscu, kjer je obiskoval šolo James Lick Middle School, leta 1965 pa je maturiral na srednji šoli Mission High School.<ref>{{cite web|url=http://www.huffingtonpost.com/2011/10/25/carlos-santana-visits-mission-high_n_1030868.html|title=Carlos Santana Visits San Francisco’s Mission High School, His Alma Mater (VIDEO)|author=Wilkey, Robin|date=25. oktober 2011|work=The Huffington Post|accessdate=30. oktober 2016|language=en}}</ref> Sprejet je bil na Državno univerzo Kalifornije v Northridgeu in Državno univerzo Humboldta, vendar se za študij ni odločil.<ref>{{cite web|url=https://www.axs.com/5-things-you-did-not-know-about-carlos-santana-44910|title=5 things you did not know about Carlos Santana|author=Cecil, Justin|date=19. marec 2015|work=axs.com|accessdate=30. oktober 2016|language=en}}</ref>
