Otok Santorini ima bogato zgodovino, ki se je začela že v [[bronasta doba|bronasti dobi]]. Veliko izkopavanje ob [[AkrotiraAkrotiri|Akrotiri]]ju je pokazalo, da je bila na otoku velika in močna minojska civilizacija. Izkopavanje, ki se je začelo leta [[1956]], je pokazalo, da je starodavno mesto zelo dobro ohranjeno, zahvaljujoč vulkanskemu izbruhu, ki je naselje prekrilo z debelimi plastmi pepela (podobno kot [[Pompeji]]). Na otoku so se v vlogi gospodarjev izmenjavali tudi [[Rimljani]], [[Turki]], od leta 1830 pa formalno pripada [[Grčija|Grčiji]].