Linhart je zelo zgodaj razvil dar za jezike, saj je doma mati povečini govorila slovensko, oče pa nemško in češko. Šolal se je v Radovljici (tu je bil njegov sošolec [[Jurij Vega]]) in v Ljubljani na [[Klasična gimnazija v Ljubljani|jezuitski gimnaziji]], za nekaj časa je vstopil v [[Stična|stiški]] [[samostan]], nato pa izstopil in na [[Dunaj]]u ob pomoči domačega plemstva študiral [[trgovina|trgovske]] in [[finance|finančne]] vede. Po vrnitvi se je zaposlil kot [[arhivar]] pri [[škof]]u [[Karel Herberstein|Karlu Herbersteinu]], po sporu z njim je postal knjižni revizor, [[šolski komisar]] in nazadnje tajnik deželnih stanov.
Leta 1787 se je poročil z Ljubljančanko Jožefino Detel, imela sta dve hčeri. Stanovali so v Ljubljani: iz Zoisove hiše na Bregu so se leta 1792 preselili v novo licejsko poslopje, leta 1795 pa je Linhart začel graditi hišo, a ga je sredi zidave zadela kap. Vdova je gradnjo dokončala, čez tri leta pa hišo prodala in z otrokoma odšla na Dunaj.
Zadnja leta svojega življenja ni več pisal izvirnih del, je pa pomagal prijateljem, predvsem [[Valentin Vodnik|Valentinu Vodniku]] in [[Žiga Zois|Žigu Zoisu]], ki je ob njegovi smrti zapisal: "Z njim sem izgubil literarnega prijatelja in [[kritik|kritika]], ki mi je bilo občevanje z njim edini oddih in veselje ..." (Mirko Zupančič, 1984). France Prešeren mu je sestavil nagrobno pesem, ki je vklesana na njegovem spomeniku:
