Prva ustanova, ki sta jo vzpostavila, je bila t.i. »Sveta bratovščina« (»Santa Hermandad«). Šlo je za oboroženo milico, katere naloga je bila ohranjati red in preganjati kazniva dejanja. Odlikovala se je po svoji mobilnosti in učinkovitosti. Najverjetneje je bila prva organizirana policijska sila v Evropi.
Grb španske inkvizicije]]Glavna vladna institucija je bil kraljevi svet, ki so ga leta 1480 razdelili in ga naredili bolj strukturiranega. Kralja sta tako vladala prek sistema svetov. Ker je bil njun glavni namen obnoviti državno oblast, je bilo potrebno, da je kortes (španski srednjeveški stanovski parlament) ob vseh priložnostih podrejen monarhiji. Zato sta kralja pazljivo nadzorovala njegova zasedanja in tudi zmanjšala število njegovih zborovanj. Prav tako sta hierarhizirala plemiške nazive in nadzorovala plemstvo. Ne glede na to, so plemiči še vedno imeli precej bogastva in velik socialni vpliv. Z uvedbo t. i. primogeniture (institucije civilnega prava, ki dovoljuje, da prvorojenec deduje vse družinske dobrine) sta še povečala vpliv plemstva.
