Rodil se je leta 1723 v Cavaleseju na Južnem Tirolskem. Študiral je na Dunaju in v Innsbrucku. Državni izpit za samostojno opravljanje zdravniškega poklica je opravil leta 1753 pri [[Gerard van Swieten|Gerardu van Swietnu]] na [[Dunaj]]u, od koder je bil poslan v [[Idrija|Idrijo]], ki do takrat še ni imela stalnega zdravnika.
V Idriji je kot rudniški zdravnik delal med letiletoma 1754 in 1769 . Tu je utemeljil šolanje za pridobitev metalurške in kemijske izobrazbe. V začetkih 60. let 18.stoletja je bil v [[Julijske Alpe|Julijskih Alpah]] in kot je sam navedel - je spoznal njihov bohinjski del, od planine Konjščice do vznožja [[Triglav]]a nad Velim poljem, in tudi [[Porezen]] na Tolminskem. Iz teh krajev je botaničnemu svetu prvi predstavil [[resasta popkoresa|resasto popkoreso]] (''Moehringia ciliata''), [[bohinjski repnjak]] (''Arabis vochinensis''), [[rožnordeči dežen]] (''Heracleum austricum'' subs. ''siifolium'') in druge. Po njem se imenuje ''[[Scopolia carniolica]]'' oziroma [[kranjski volčič]]. Leta 1760 je izdal knjigo ''Flora carniolica'', prvo znanstveno delo o naravi v Sloveniji, v kateri je opisal okoli 1.100 rastlinskih vrst s severozahodnega dela Slovenije. O tem je Scopoli obvestil [[Carl von Linné|von Linnéja]] v pismu 1. septembra 1760. Od [[Korespondenca|korespondence]] med Scopolijem in švedskim naravoslovcem Carlom von Linnéjem je ohranjenih 30 pisem, od tega 17 Scopolijevih in 13 Linejevih. Napisana so bila med letoma 1760 in 1775 v [[Latinščina|latinščini]].
Skupaj je objavil 21 knjig. V knjigi ''Entomologia carniolica'' je prvi sporočil svetu, da se čebelja matica oplodi s [[trot]]i izven panja. Postal je član številnih uglednih znanstvenih ustanov. V Idriji je živel 15 let, v [[Banská Štiavnica|Banski Štiavnici]] na današnjem [[Slovaška|Slovaškem]] pa je bil predavatelj na metalurški akademiji. Umrl je 8. maja 1788 v Pavii, kjer je preživel zadnjih 12 let kot profesor kemije in botanike na univerzi.
