Izvor besede Kartum je nejasen. Po eni od teorij izvira iz [[Arabščina|arabske]] besede خرطوم ''karṭūm'' v pomenuupomenu 'deblo' ali 'cev', kar se verjetno nanaša na ozek pas zemlje med Modrim in Belim Nilom, kjer stoji mesto.<ref>{{navedi knjigo |last=Room |first=Adrian |year=2006 |title=Placenames of the World |edition=2. |publisher=McFarland |isbn=0-7864-2248-3 |pages=194}}</ref> Kapitan J.A. Grant, ki je prispel v Kartum leta 1863 s [[John Hanning Speke|Spekejevo]] odpravo, pa je zapisal, da je najverjetneje poimenovan po [[žafranika|žafraniki]] (''Carthamus tinctorius''), arabsko قرطم ''kurtum'', ki so jo množično pridelovali v [[Egipt]]u za olje, iz katerega so nato delali gorivo.<ref name="Walkley1935">{{navedi revijo |author=Walkley, C.E.J. |year=1935 |title=The story of Khartoum |journal=Sudan Notes and Records |volume=18 |issue=2 |pages=221–241 |jstor=41710712}}</ref>
