Eden najbolj znanih in nagrajevanih slovenskih režiserjev., Njegovinjegovi filmi so prejeli številne nagrade doma in po svetu: [[Rezervni deli]] so bili nominirani za zlatega medveda na [[Berlinale|Berlinalu]] [[2003]] in prejeli posebno nagrado žirije na festivalu v Sarajevu, [[Delo osvobaja]] je prejeldobitnik Grand Prix-a na festivalu v Valenciji, [[Slovenka]] je dobitnica Grand Prix-a na festivalu v Gironi; [[Porno film]] in ''Rezervni deli'' sta dobitnikaprejeli nagradenagradi [[Vesna]] za najboljši slovenski film leta, celovečerni dokumentarec ''Dolge počitnice'' pa je bil nagrajen z Vesno za najboljši dokumentarni film leta. ''Rezervni deli'' in ''Slovenka'' sta bila s strani Evropske filmske akademije nominirana za evropski film leta, ''Rezervni deli'' so bili slovenski kandidat za tujejezičnega oskarja.
Leta 2005 so v [[Združene države Amerike|ZDA]] in [[Kanada|Kanadi]] pripravili retrospektivo njegovih filmov, ki jo je organiziral [[Ameriški filmski inštitut]] (AFI) iz [[Washington, D.C.|Washington]]a. Leta 2013 so organizirali njegovo retrospektivo tudi na Dunaju.
