Maja 2014 je bil zaradi slabega rezultata na volitvah za Evropski parlament odstavljenodstopil iz mesta predsednika stranke. Lukšič je bil nosilec liste SD, a ga je s preferenčnimi glasovi prehitela Tanja Fajon.
Julija 2014 je bivši veleposlanik Republike Slovenije v Avstraliji [[Milan Balažic]] zatrdil, da je bil Lukšič eden od glavnih akterjev, ki so nad njim izvedli politični pogrom. Balažic je povedal, da je bil Lukšič iniciator in posrednik v tajni diplomatski dejavnosti v zvezi z Nicholasom Omanom, kar je podkrepil z njuno korespondenco in številnimi dokumenti. <ref>{{navedi novice| url=http://www.rtvslo.si/slovenija/balazic-v-stiku-z-omanom-sem-bil-po-navodilu-drzavnega-vrha/341409 |title=Balažic: V stiku z Omanom sem bil po navodilu državnega vrha. Državni vrh: Ni res.|date=8.7.2014 |work=[[MMC RTV-SLO]] |accessdate=8.7.2014}}</ref> Iz njih je razvidno, da se je Lukšič osebno dogovarjal za prepis naftnih zemljišč v Republiki Srbski na Republiko Slovenijo. <ref>{{navedi novice| url=http://www.portalplus.si/255/afera-balazic/|title=Afera Balažic |date=16.7.2014 |work=PortalPLUS |accessdate=17.7.2014}}</ref> Lukšič je sprva zanikal, kasneje pa priznal svojo vlogo v procesu.