Po raziskavah na Instituto Jožef Stefan je v reki Krki povečana koncentracija tributilkositra ([[TBT]]) in živega srebra. TBT je bil v reki odkrit že leta 2008 ko je bila vsebnost TBT-ja 60-krat višja o dovoljenih. Po izjavah direktorja Zavoda za zdravstveno varstvo Novo mesto gp. Dušana Harlanderja je bila zadnja resna raziskava Krke opravljena leta 1990.<ref>Ribe v laboratoriju, preplah pa še v zraku, Tanja Jakše Gazvoda, Dolenjske novice (tedenska priloga Dolenjskega lista), str. 1, 6.10.2011</ref>
V mesecu avgustu 2013 je v Konstanjevici na Krki poginilo velikovečje število školjk., Odmed tehkaterimi je prevladovala vrsta [[potočni skržek]] sz dolžino lupine do 10 cm. Vzrok pogina ni raziskovanraziskan, ker zavod[[Zavod Republike Slovenije za varstvo narave|Zavod RS za varstvo narave]] nima sredstev za interventne analize površinskih vodvoda, [[Občina Kostanjevica na Krki|občina]] pa ni bila pripravljena plačatipokriti stroškov analize. Ne ve se, ali so školjke žrtve klimatskih sprememsprememb ali pa lokalnega [[Onesnaževanje|onesnaževanja]] reke. Visoke poletne temperature in pomankanje padavin bi lahko povzročilo nizki vodostaj reke in pomankanje kisika. Školjke so prav tako manj odporne mana onesnaženje, ker se ne morejo odseliti kot npr. ribe. Krka se sicer nadzira v okviru državnega monitoringa. Nadzor vode sicer opravlja Zavod za zdrvastvenozdravstveno varstvo Novo mesto na 13 mestih od soteske[[Soteska, Dolenjske Toplice|Soteske]] do [[Grič, Kostanjevica na Krki|Griča pri Brežicah]]. Zadni redni pregled je bil v mesecu juliju.Takrat2013, ko je bila voda še vzadovoljive redukvalitete. <ref>Andrej Hudoklin, Zavod RS za varstvo narave, "Naša naravna dediščina-Pogin školjk v Krki", Dolenjski list, 22.8.2013, str. 18</ref>, <ref>M. Luzar, "Zakaj so umirale školjke v Krki", Dolenjske Novice-tedenska priloga Dolenjskega lista, leto 9, št. 34, 22.8.2013, str. 1</ref>