Poleg štirih fakultet ustanoviteljic sta bila leta 1817 ustanovljeni še Katoliška teološka ter Ekonomska fakulteta. Leta 1863 je univerza pridobila prvo samostojno naravoslovno fakulteto v Nemčiji.
Univerza je med drugim imela veliko vlogo v prizadevanjih za "znanstveno" legitimirajolegitimacijo politike Tretjega rajha. Še pred zmago [[Nacionalsocialistična nemška delavska stranka|nacistov]] na splošnih volitvah marca 1933 skoraj ni bilo več judovskih učiteljev ali študentov. Kasnejši Nobelov nagrajenec za fiziko [[Hans Bethe]] je bil odpuščen aprila 1933, matematik [[Erich Kamke]] pa predčasno upokojen v letu 1937, verjetno v obeh primerih zaradi nearijskega porekla njunih soprog.<ref>''[http://www.uni-tuebingen.de/fileadmin/Uni_Tuebingen/Allgemein/Dokumente/2006/06-01-19AkUniimNS.pdf Juden an der Universität Tübingen im Nationalsozialismus] (PDF; 132 kB)'', Bericht des Arbeitskreises „Universität Tübingen im Nationalsozialismus“, 19. Januar 2006</ref> Na kliniki so sterilizirali najmanj 1158 ljudi.<ref>''[http://idw-online.de/pages/de/news270590 Forschungsergebnisse zu "Zwangssterilisation an der Universität Tübingen"]'', Pressemitteilung/idw, 14. Juli 2008</ref>
Po vojni je bila univerza razdeljena na 14 fakultet, ki so bile leta 2010 ponovno združene v sedem velikih naddisciplinarnih fakultet.
