Po svojem nastanku, ekoloških razmerah in živih bitjih pripada Jadransko morje k Sredozemskemu morju. Južni del Jadranskega morja, kot tudi Sredozemsko morje sta ostanek davnega morja Tethys, ki je mezozoiku in v začetku terciarja pokrivalo velik del Zemlje. To morje je imelo izrazite tropske značilnosti. Geološka preteklost Jadrana se torej ujema z zgodovino Sredozemskega morja, čeprav so nekateri geološki procesi v Jadranu potekali neodvisno, zaradi česar Jadran obravnavamo kot posebno biogeografsko podenoto Sredozemskega morja. Jadransko morje je najbolj zaprt ter od drugih delov Sredozemlja ločen del, katerega hladna in manj slana sredozemska voda pomembno vpliva na ekološke razmere v Jadranskem morju, kar je zlasti izrazito v njegovem južnem delu.
Globoki, južni del Jadranskega morja je po nastanku mnogo starejši od plitvega severnega dela, ki je nastal šele po zadnjih ledenih dobah. JadrankoJadransko morje, kot ga poznamo danes, se razprostira ujeto med dve mladi gorski verigi (Apenini na zahodu in Dinarsko gorstvo na vzhodu), ki sta nastali iz sedimentov. Tektonski premiki in gubanja omenjenih gorstev sta nastajala v eocenu in oligocenu. Tako je v grobem nastal jadranski bazen, ki je bil v eocenu zalit z morjem Tethys. To je bilo tropsko morje, o čemer pričajo številni fosilni ostanki raznih grebenskih koralnjakov iz eocenskega obdobja. V oligocenu je v jadranskem bazenu prišlo do nadaljnjih manjših gubanj in splošnega dvigovanja dna, kar je privedlo do povečevanja kopnega. Dvigovanje dna je bilo razvito predvsem v vzhodnem delu bazena, tako da je v miocenu morje zalivalo le apeninski del današnjega jadranskega bazena in je le ponekod, v svojem južnem delu, segalo tudi na vzhodno stran. V pliocenu so bila tektonska gibanja izrazita, dno se je nekaj časa dvigovalo nato pa spet spuščalo, tako da se je velikost morja neprestano spreminjala. V ledenih dobah se je raven morja spuščala in je prevladovalo kopno, med posameznimi ledenimi dobami pa se je gladina morja dvigovala in je prevladovalo morje. Z nastopom hladnejših obdobij je morje postopoma izgubljalo tropske značilnosti. V ledenih dobah so tako prevladovali borealni rastlinski in živalski elementi, danes pa Jadran uvrščamo med zmerno topla morja, v katerem žive nekateri relikti, ki sicer živijo v subtropskih oz. severnih morjih. Dno severnega Jadrana ima vse do konca ledenih dob značilnost kopnega, ki ga med poledenitvami prekrivajo debeli sloji rečnih sedimentov. Ob koncu pleistocena se je dno jadranskega bazena v povprečju znižalo za okrog 100 m. morje je zalilo območje severnega Jadrana in mnoge doline rek na vzhodni obali (npr. Raša, Krka). To je obdobje, v katerem je Jadransko morje v glavnem dobilo današnjo podobo.
