Leta 1832 se je dokončno odločil, da zapustizapustil [[Novi Sad]]. LetaNaslednje 1833 jeleto s pomočjo [[Ján Kollár|Jána Kollárja]] in na povabilo čeških prijateljev, ki so mu obljubili sofinanciranje, odšelodide v [[Praga|Prago]], kjer je preživel preostanek svojega življenja. Pogoj za denarno pomoč pa je bil, da je od tedaj naprej pisal izključno le v češkem jeziku.
Šafárik je po zaslugi [[František Palacký|Františka Palackega]] najprej sodeloval pri uredniškem delu v ''Časopise Českého musea'', potem pa je Palackega tudi nasledil. 1834–1835 je bil urednik revije ''Světozor'', med 1836–1847 pa cenzor knjig, 1841 skrbnik univerzitetne knjižnice v [[Praga|Pragi]], od 1848 pa njen ravnatelj in hkrati izredni profesor slovanske književnosti in jezikoslovja na tej univerzi.
V tem obdobju je največ časa posvečal znanstvenemu raziskovanju, izobraževanju in šolstvu. Tako1848 je leta 1848 postal član komisije pri zbiranju gradiva za slovanski pravni terminološki slovar. Sodeloval je tudi pri oblikovanju sodobne norme za [[slovaški jezik]] ter se posvečal svojim znanstvenim interesom (zbiral je zgodovinska dela iz najstarejšega obdobja slovanskih jezikov).
V zadnjih petih letih življenja se mu je duševno zdravje močno poslabšalo, zažigal je svoje korespondence s pomembnimi znanstveniki (na primer s Kollárjem). Depresijo je hotel rešiti s samomorom, a so ga rešili.
Na začetku oktobra 1860 je Šafárik dokončno zapustil mesto ravnatelja knjižnice. Zdravje mu je pešalo in umrl je 26. julija 1861.
