Največja pomanjkljivost je, da ni veliko krajev, ki so primerneprimerni za geotermalno energijo in primerna za gradnjo geotermalnih elektrarn. Najboljše lokacije so tiste, ki imajo dovolj vroče zemeljske stene do globine primerenprimerene za vrtanje in da so dovolj mehke.
GeotermalnaGeotermalno energijaenergijo ni mogoče prevažati, zato se lahko uporablja samo za oskrbo s toploto v okoliških mestih in za proizvodnjo električne energije.
Problem pri uporabi je sproščanje snovi in plinov globoko iz zemlje, ki so lahko škodljivi, ko pridejo na površje. Najbolj nevarn je [[vodikov sulfid]], ki je zelo koroziven in zelo težko ga je pravilno razpolagati.
Statistični podatki kažejo, da je povečanje pojava potresa v regijah, kjer je prednost geotermalne energije.
