Kmalu po porazu na republiških volitvah je iz Beograda, prestolnice takratne skupne države [[Zvezna republika Jugoslavija|Zvezne republike Jugoslavije]], prišel nov izziv. Tedanji jugoslovanski predsednik [[Slobodan Milošević]] je Momirju Bulatoviću ponudil položaj zveznega premierja. Bulatović je ponudbo sprejel in sestavil novo zvezno vlado. [[18. maj]]a 1998 je bil na položaj tudi uradno imenovan, na tem položaju pa je ostal slabi dve leti. V času njegovega predsedovanja vladi so se napetosti med ZR Jugoslavijo in mednarodno skupnostjo zaostrile. Bulatović je bil tako spomladi leta 1999 prisiljen razglasiti razmere neposredne vojaške ogroženosti, v času bombardiranja ZR Jugoslavije s strani zveze [[NATO|Nato]] pa tudi [[vojne razmere]] v državi.
Na zveznih in izrednih predsedniških volitvah leta 2000. Bulatovićeva SNP naj bi po zmagi, ki so jo pričakovali, vstopila v [[vladna koalicija|vladno koalicijo]] z Miloševićevo [[Socialistična stranka Srbije|Socialistično stranko Srbije]] (SocialističkaSocijalistička partija Srbije) ter [[Jugoslovanska levica|Jugoslovansko levico]] Miloševićeve soproge [[Mirjana Marković|Mirjane Marković]]. Bulatović je bil vnovič kandidat za premierja zvezne vlade, vendar pa volitve niso potekale tako kot so si to predstavljali Milošević, Bulatović in Markovićeva. Največje črnogorske stranke, razen Bulatovićeve SNP, se zveznih volitev namreč niso hotele udeležiti, zato je Bulatovićeva stranka brez težav dobila 27 od 30 Črni gori namenjenih poslanskih mest v zvezni skupščini. Še bolj dramatično pa so se izšle predsedniške volitve. Slobodan Milošević je namreč izgubil proti voditelju [[Demokratska stranka Srbije|Demokratske stranke Srbije]], [[Vojislav Koštunica|Vojislavu Koštunici]].
MiloševićevMiloševićeva režimvlada izida volitev ni priznal, čemur so sledile desetdnevne [[demonstracija|demonstracije]], ki so se končale 5. oktobra 2000. Že dva dni po tem je Koštunica prisegel kot nov predsednik ZR Jugoslavije. Bulatovićeva SNP je v novih razmerah odpovedala podporo svojemu voditelju, ki tako ni bil več kandidat za premierski položaj. SNP je na premiersko mesto predlagala enega izmed dotedanjih podpredsednikov stranke [[Zoran Žižić|Zorana Žižića]]. Momir Bulatović je zaradi tega zapustil stranko in se umaknil iz politike, SNP pa je izvolila novega predsednika, [[Predrag Bulatović|Predraga Bulatovića]].
