[[12. junij]]a leta [[1798]] je [[Napoleon]] na vojnem pohodu v [[Egipt]] z zvijačo zasedel [[Malta|Malto]]. Malteške viteze je zaprosil za varno pristanišče, v katerem bi lahko oskrbel svoje ladje, ko so njegove ladje pristale v [[Valletta|Valletti]] , pa se je obnilobrnil proti svojim gostiteljem. Veliki mojster reda Ferdinand von Hompesch zu Bolheim tega ni pričakoval in na to ni bil pripravljen, zato se je hitro vdal, z izgovorom, da mu redovna pravila prepovedujejo vojskovanje s [[kristjani]]. Pod pritiskom avstrijskega dvora je moral zato leta [[1799]] odstopiti.
Vitezi so se po umiku z Malte razkropili po Evropi in se začeli z evropskimi vladarji pogajati o vrnitvi na oblast. Največje število vitezov je našlo zatočišče v [[Sankt-Peterburg]]u, kjer jih je toplo sprejel ruski [[car]] Pavel I., z željo, da bi okrepil tradicijo ruskih vitezov hospitalcev. Malteške viteze je uvrstil med ruske cesarske redove, vitezi so ga v zameno izvolili za svojega velikega mojstra. Veliki mojster Pavel I. je nato v Rusiji poleg rimokatoliškega velikega redovnega konventa ustanovil še ruski veliki redovni konvent z nič manj kot 118 komendami. [[Rimskokatoliška cerkev]] njegove izvolitve nikoli ni [[Kanonsko pravo|kanonizirala]], zato je bil veliki mojster reda samo ''[[de facto]]'', na pa tudi ''[[de facto|de iure]]''.
V zgodnjihzačetku 1800[[19. letihstoletje|19. stoletja]] je red zaradi izgub po celi Evropi resno oslabel. Iz tradicionalnih evropskih virov je dotekalo samo še 10% dohodkov, ostalih 90% pa je do leta [[1810]] prispeval ruski veliki konvent. Posledica tega je bila, da so v obdobju od leta [[1805]] do [[1879]] redu vladali poročniki in ne veliki mojstri. Položaj velikega mojstra je ponovno ustanovil [[papež Leon XIII.]] leta [[1879]], red pa je spet postal zgolj humanitarna in verska in ne več vojaška organizacija.
