Temeljno poslanstvo inštituta je ustvarjanja novega znanja na področju biologije in sorodnih [[naravoslovne vede|naravoslovnih ved]] ter hkrati prenašanja tega znanja v uporabo za izboljševanje kvalitete življenja ljudi ter spošnegasplošnega bogatenje vsega življenja na Zemlji.
Svoje poslanstvo inštitut ostvarja z raziskavmiraziskavami na področju biologije in sorodnih ved v Sloveniji; z sodelovanem in izvajanjem mednarodnih projektov, posebej tistih iz Okvirnih raziskovalnih programov Evropske unije; z vzpostavljanju sistema okoljskega nadzora in sodelovanja pri njihovem izvajanju; z aktivno vlogo pri vzpostavljanju sistema varne hrane in sodelovanje pri nadzoru, predvsem na področju GSO; z aktivno vlogo pri sistemu varstva rastlin na področju povzročiteljev bolezni rastlin; s povezovanjem s farmacevtsko, biotehnološko in prehrambeno industrijo; z usposabljanjem mladih raziskovalcev ter s povezovanjem z univerzami in drugimi visokošolskimi organizacijami za dodiplomski in podiplomski študij.
